Anna Tramontano "Il caso e la necessità: la biologia computazionale degli anticorpi" - 24 novembre 2016 ore 17.00

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Prof.ssa Anna Tramontano, ordinario di Biochimica, Dipartimento di Fisica, Sapienza Università di Roma

 

"Il caso e la necessità: la biologia computazionale degli anticorpi"

Gli anticorpi o immunoglobuline sono molecole affascinanti sia dal punto di vista strutturale che funzionale. Sono in grado di riconoscere virtualmente qualunque molecola estranea all’organismo con squisita specificità e altissima affinità. Queste proprietà sono dovute alla loro architettura tridimensionale che consiste di un tetramero di sue catene polipeptidiche identiche, la catena leggera e quella pesante. Ogni catena include domini omologhi con struttura tridimensionale simile. Con rare eccezioni, la catena leggera è composta da due domini, uno variabile ed uno costante, mentre quella pesante ne include uno variabile e tre o più costanti. I due domini variabili sono responsabili per il legame all’antigene.

Uno studio approfondito della relazione tra la sequenza e la struttura di queste molecole ci ha permesso di mettere a punto un protocollo per inferire, dalla loro sequenza, la struttura tridimensionale e di identificare con buona accuratezza quali aminoacidi del sito di legame sono in diretto contatto con l’antigene. Questi risultati hanno implicazioni rilevanti per l’umanizzazione di anticorpi e per la caratterizzazione di anticorpi di pazienti con patologie caratterizzate da un’espansione neoplastica di cellule B con implicazioni sul fenotipo patologico.

Riferimenti bibliografici:

Olimpieri, P.P., Marcatili P., Tramontano A. Tabhu: Tools for antibody humanization. (2015) Bioinformatics 31(3):434-5.  doi: 10.1093/bioinformatics/btu667

Marcatili P., Olimpieri P.P., Chailyan A, Tramontano A. Antibody structural modeling with PIGS. (2015) Nature Protocols. 9:2771–2783 DOI: 10.1038/nprot.2014.189

Messih M.A., Lepore R., Marcatili P., Tramontano A. Improving the accuracy of the structure prediction of the third hypervariable loop of the heavy chain of antibodies. (2014) Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btu194

Olimpieri P.P., Chailyan A., Tramontano A. Marcatili P. Prediction of site-specific interactions in antibody antigen complexes: the proABC method and server. (2013) Bioinformatics 29(18): 2285-2291

Ghiotto, F., Marcatili, P.  Tenca, C.,  Calevo, M.G.,  Yan, X., Albesiano, E.,  Bagnara, D.  Colombo, M.,  Cutrona, G.,   Chu, C.C., Morabito, F.,  Bruno, S.  Ferrarini, F.,   Tramontano, A.  Fais, F.,and  Chiorazzi, N. (2011) Analysis of mutation patterns of paired immunoglobulin heavy and light variable domains expressed by chronic lymphocytic leukemia B cells, Molecular Medicine, 17:1188-1195

Marcatili, P., Rosi, A. and Tramontano, A. PIGS: Automatic prediction of antibody structures (2008) Bioinformatics, 24(17):1953-1954.

Ghiotto, F., Fais, F., Valetto, A., Albesiano, E., Hashimoto, S., Dono, M., Ikematsu, H., Allen, S.L., Rai, K.R., Nardini, M., Tramontano, A., Ferrarini, M., Chiorazzi, N. 2004 Remarkably similar antigen receptors in a subset of patients with IgG+ chronic lymphocytic leukemia. Journal Clin, Inv. 113:1008-1016

Chothia, C., A.M. Lesk, A. Tramontano, M. Levitt, S.J. Smith_Gill, G. Air, S. Sheriff, E.A. Padlan, D. Davies & W.R. Tulip. 1989. Conformations of immunoglobulin hypervariable regions. Nature 342: 877-83.


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